Миссией центра физической культуры и спорта является укрепление и коррекция здоровья, формирование культуры здоровья, здорового образа жизни и жизнеспособности студентов.

Основной целью физической культуры в университете является воспитание гармонически развитых специалистов, формирование физической культуры студентов, способных реализовать полученные знания в социально-профессиональной, физкультурно-спортивной деятельности и в семье.

Физическая культура - часть общей культуры общества, направленная на укрепление здоровья, развитие физических способностей человека, спортивных достижений. Составной частью физической культуры является спорт - средство и метод физического воспитания, система организации соревнований по различным физическим упражнениям.

Физическая культура в МКУ как и во всех ВУЗах Кыргызской республики, является неотъемлемой частью формирования общей и профессиональной культуры студентов. Как учебная дисциплина, обязательна для всех специальностей и обеспечивает профилированную физическую готовность, является одним из средств формирования всесторонне развитой личности, фактором укрепления здоровья, повышения работоспособности, воспитания высоких физических и морально-волевых качеств и прикладных навыков, способствующих эффективному использованию их в различных жизненных условиях. В МКУ общее руководство физической культурой и спортивно-массовой работой среди студентов, а также организация наблюдений за состоянием их здоровья возложены на ученый совет, а конкретное их проведение осуществляется центром физической культуры и спорта. Массовая оздоровительная, физкультурная и спортивная работа проводится центром физической культуры и спорта, совместно со студенческим «Мажлисом», кафедрами и другими службами. Медицинское обследование и наблюдение за состоянием здоровья студентов в течение учебного года осуществляется медицинской частью университета. Профессионально-прикладная направленность физической подготовки предусматривает формирование у студентов высоких морально-волевых качеств, приобретение умений и навыков выполнения различных упражнений, развитие необходимых физических качеств, эффективное выполнение учебной работы, повседневную профессиональную деятельность в семье и подготовку к защите Отечества.